『大東亜興亡史２』では、前回未収録だった「盧溝橋事件」や「アッツ島攻略戦」などの戦史戦の他、ソビエト領内や欧州での仮想戦などを新規に追加！マップ数を前作の約５０枚を大幅に超える約１００枚に大幅増量し、以前より多彩に分岐する日本軍キャンペーン・アメリカ軍キャンペーンの２つのキャンペーンシナリオをご用意致しました。
　また前作同様に、クリアしたマップを単体で遊べるシングルマップモードも用意されております。

　登場する陣営は前作からの日米英ソ中（中共）蘭豪印仏の10陣営に、お客様からのご要望の高かったドイツ・イタリア陣営を追加！「ティーガーI」「Bf109G」などの人気兵器が網羅され、兵器（ユニット）数は約１,１５０種類と更にボリュームアップしました。 　実在した兵器や、史実では終戦により間に合わなかった開発途上兵器が前作以上に多数登場し、画面狭しと暴れまわります。

　新システムとして、１つのシナリオを２枚のマップで構成する２ＷＡＹマップを採用！特定のヘックスに移動する事で、２つのマップ間を相互に移動できるという、今までの大戦略にはないまったく新しいマップ構成となっております。また、２ＷＡＹマップの導入により、目標地点への侵入・艦砲支援・爆撃支援・両面作戦などの、より実戦に近い戦術を取ることが可能となりました。
　２ＷＡＹマップにはルールやマップ構成が違う【戦域拡大方式】と【戦域連結方式】の２つ方式があります。この２つの方式により、様々な作戦を立てる事ができます。

■戦域拡大方式■

　戦域拡大方式は、通常マップと同じ「全域マップ」と、「全域マップ」の特定領域を拡大した「拡大マップ」で構成されています。
　「拡大マップ」では1ターンの間に行動フェイズが３回発生！それに合わせ、「拡大マップ」にいる兵器の「燃料」「弾数」も３倍に変化し、戦域を拡大した事による戦闘の細分化を表現しています。
　また、「全域マップ」側から「拡大マップ」に対し、艦船の砲撃や爆撃機の爆撃などによる支援攻撃がおこなえ、砲撃で敵軍に損害を与えて進軍ルートの確保を行なうといった、戦術性の高い行動を取ることができます。

【マップ間移動】
 【支援攻撃】

■戦域連結方式■

　戦域連結方式は、２つのマップを上下もしくは左右に繋いだ形で構成されています。
　戦域拡大方式とは違い、1ターンの間に２回（マップ毎に1回）の行動フェイズが発生するので、プレイヤー部隊の操作を両マップで交互におこないゲームを進めて行きます。
　この方式では、２つのマップ間で攻撃支援が行なえないので、プレイヤーは兵力を分けて両面作戦をおこなうか、兵力を集中して各マップの敵勢力を各個撃破していくか判断し、作戦を進めて行くことになるので、プレイヤーを非常に悩ませることになるでしょう。

　キャンペーンモード・シングルモードに続く新モードとしてシナリオモードを追加！「ミッドウェー海戦」「真珠湾攻撃」などの著名な戦闘を再現したマップを、当時の部隊編成と同じ戦力を使いプレイする事ができます。またシングルモードと違い、キャンペーンでそのマップをクリアしなくても、最初からマップを選択しプレイする事ができますので、キャンペーンがなかなか進められない方も、シナリオモードを使えば様々なマップをプレイしていただけます。
　圧倒的な国力を持つアメリカを率いて大日本帝國と戦えば、当時の絶望的な戦力差を体感することができるのではないでしょうか。

　人物（搭乗員）を兵器に搭乗させる事で、兵器の損害力・防御力を向上させ、特殊能力を付加させる搭乗員システムを採用！
戦闘に変化をもたらすだけではなく、好きな搭乗員を好きな兵器に搭乗させることができますので、よりオリジナル度の高い部隊編成が行なえるようになりました。
　また、搭乗員は戦闘で戦果を挙げることで階級が上がり、それに合わせて損害力・防御力能力が上昇し、特殊能力を覚えます。覚える特殊能力は搭乗員により、覚える階級・能力・数が違いますので、プレイヤーは自分の戦法に合った搭乗員を選んで育てることになります。 　なお、搭乗員の名前はプレイヤーの任意に変更でき、オリジナルの搭乗員として戦闘に参戦させることもできます。

　前作同様、今作でも兵器を生産、そして進化・改良・開発おこない、自分の部隊を編成しながらキャンペーンを進めていきます。
しかしそれとは別に、今作では兵器を手に入れる方法があります。それが鹵獲ルールです！
　鹵獲は敵の部隊が収納されている建物を占領することで発生します。鹵獲した兵器は次のマップから、自軍の兵器として使用することができますので、日本帝國軍を指揮しながら、アメリカのシャ－マンやムスタングを使用するという、欲張った編成も可能となりました。

　前作で別々の画面でおこなっていた兵器の進化・改良・開発を、全てシナリオとシナリオの間で表示されるインターミッション画面でおこなうよう変更！操作関係を一箇所にまとめることで、進化・改良を行なうことで発生する開発のルールを解りやすいように改良しました。
　また、難解であった進化・改良の発生条件や生産リストへの登録条件などのルールの見直しをおこない、初心者にも簡単に兵器の育成がおこなえるように改善しました。

　『大東亜興亡史２』でも前作同様に「デカ字フォントモード」を搭載！通常の２倍の面積を持ったフォントで情報を表示することで、兵器パラメーターなどの細かい文字情報を読み易いようにしてあります。
もちろん、スイッチひとつで、通常フォントモードに切り替えることも可能です。