プレイヤーがGM(ゼネラルマネージャ)となりチームの運営を行います。
最長20年の就任期間の間に、日本一の球団を作りあげることが目的となります。
GMモードでは、プロ野球の1年毎のサイクル (キャンプ、オープン戦、シーズン、契約更改、選手調達)に沿って、ゲームが進行していきます。
「戦略プロ野球2007」では、選手の調達や球団の指揮運営と言ったゼネラルマネージャの立場をより明確にした新要素、【スカウト】と【イベント】を追加しました。
 専用画面
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 就任画面
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GMは来期の新人選手候補を探す為に、日本各地、アジア、アメリカの各方面へスカウトを派遣することができます。
地域、予算、求めるポジションを指定するとスカウトが派遣され、翌月の初めに来年度の戦力となりそうな選手が球団の新人リストに登録されます。
 派遣画面
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 新人リスト画面
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ペナントレース中、連勝や連敗と言った球団の調子によってイベントが発生し、観客動員数や選手の調子が変動することがあります。
実際でも起こり得るようなシチュエーションがイベントとして発生し、よりリアルにGMモードを演出します。
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 イベント画面
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